Третото косвено доказателство произтича от изследването на пластовете на външната земна кора, съдържащи вкаменелости от скелети на животни, живели някога върху планетата ни. Ако теорията за еволюцията е наистина вярна, то изследванията на вкаменелостите би трябвало да показват едно постоянно плавно развитие на различните биологични видове, както и съществуването на преходни форми от един биологичен вид в друг. Нищо подобно не се наблюдава. Всички данни от изкопаемите вкаменелости показват едно повсеместно смесване на останките от различните биологични видове, живели според еволюционната теория в различни епохи. Голяма част от изводите, произтичащи от анализа на вкаменелостите, отново говорят в полза на теорията на интелигентния дизайн.

Какви са обаче данните, обуславящи теорията на интелигентния дизайн? Тази теория се основава на описанието на Сътворението, което Божието Слово ни е дало в гл. 1 на книгата Битие от Стария Завет. То ни разкрива, че отначало Бог сътворява земята, след това създава растенията, създава слънцето и звездите, а след това и животните. Накрая Той създава Адам и Ева, прародителите на човечеството. От Битие става ясно, че всички тези сътворени неща са станали изведнъж и по предварителен Божи план, реализиран от Твореца чрез акта на Сътворението. Поради греха им човеците се откъсват напълно от Създателя Си и започват да се отнасят жестоко един към друг. Бог решава да премахне това пропаднало човечество и цялата жива природа, възникнала през този период. Той избира праведния Ной, препоръчвайки му да построи един гигантски дървен ковчег (кораб) и да го напълни с по едно мъжко и едно женско животно от всеки вид.

Всемирният потоп е описан не само в Библията. Разкази за тази колосална свръхестествена катастрофа се съдържат и в някои от „най-старите исторически документи у няколко различни човешки раси и непряко се потвърждава от цялото съдържание на ранната история на повечето цивилизовани раси“. И наистина, народите по света са създали над 100 предания, описващи всемирния потоп. В почти всички от тях този катаклизъм е описан като всеобщ, универсален потоп; от него загива цялото човечество; има изграден ковчег, в който някакъв потомък на човешкия вид оцелява, за да продължи живота на човечеството. В Библията е назовано и неговото име. Всемирният потоп е единственото научно издържано обяснение на вкаменелостите и на бързото формиране на седиментните скали, най-разпространеното скално образувание по земята. Тези факти, освен това, шпорят красноречиво, че планетата ни не е по-възрастна от 10-12 хиляди години.

Ученият Бърт Томпсън от САЩ описва тези явления по следния начин: „По целия свят са намерени огромни гробища на животни и пълни с вкаменелости скални пластове. Има свидетелства за огромна, внезапна и неотдавнашна водна катастрофа, последвана от дълбоко заледяване по целия север, придружено от титанични хидравлични сили и издигания на земната кора, които погребват мамути, мастодонти, слонове и други големи животни в област, която днес е изцяло лишена от растителност“.

В съвременната наука съществуват редица факти, които показват, че всемирният Потоп е променил радикално всички природни условия.

Днес много малко са учените, които не приемат становището, че всички находки на вкаменелости говорят определено за някаква глобална, неочаквана, изненадала милиарди животински същества катастрофа, станала най-много преди около 10 000-12 000 години, факт, който, от друга страна, отхвърля категорично теорията за равномерността и постепенността в разгръщането на геологичните сили. Очевидно една толкова широкомащабна катастрофа би прекъснала всякакво постепенно, еволюционно развитие на видовете.